故事的主人翁是平凡的小学三年级学生高町奈叶，和经营咖啡馆的父母，以及身为学生的哥哥和姐姐，还有关係良好的朋友们，一起过著非常普通的日常生活，却在奇妙的际遇下和“异世界的少年”相逢。从此生活都改变了，如此的相遇让奈叶得到魔法的力量，她开始帮助异世界少年寻找散落在世界上的异世界的遗產“宝石之源”，並必须將其回收。在可以自由变身成小动物和人类的异世界少年的帮助下，奈叶凭自己的资质和意志將魔法之杖具现化。凭藉两种力量，来实现紧握在手中的人们的梦想，然而，为了防止伴隨而来的种种危险，所以必须要回收宝石之源，並在无人知晓的情况下守护周围的和平。奈叶和异世界少年的柔和友情及羈绊。还有，与宝石之源相关各式各样的人的种种形態互相接触。原本应该是和家人以及朋友一起快乐生活的三年级学生，却要无时无刻的过著，放学后休息时间里秘密的魔法少女生活。在持续著这样的日子里，又出现了“和奈叶一样拥有魔法少女资质的敌对势力”，並且还出现了“关注著两方战斗的第三势力”，奈叶平稳的生活陷入大危机中！“所以我会尽可能地努力的...。为了將来不会后悔”高町奈叶，小学三年级学生。虽然没有?#092;动神经，但凭著智慧与勇气以及魔法的咒文和不输於人的心境。高町奈叶，一定会努力的！ | 
